Данная модель автомобиля выпускалась и разными двигателями, и коробками передач, многие из них были оснащены АКПП, что сделало более комфортным управление машиной. В то же время автоматическая коробка BMW e39 требует более тщательного ухода и своевременного ремонта, иначе последствия могут быть достаточно серьезными.